Фильм снят по мотивам романа Джеймса Дашнера «Бегущий в лабиринте» (The Maze Runner, 2009). Брентон Туэйтес и Коннор Паоло пробовались на роль Томаса, доставшуюся в итоге Дилану О’Брайену. Изначально Уэс Болл общался с представителями студии 20th Century Fox о том, чтобы снять полнометражную версию его фильма — «Руины» (2012). В итоге ему предложили стать режиссером «Бегущего в лабиринте» (2014), и он согласился. Съемки фильма начались в мае 2013 года и продолжались 42 дня. В апреле 2014 года стартовала вирусная рекламная кампания с запуском в интернете сайта об организации П. О. Р. О. К. (W.C.K.D.) — wckdisgood.com. Изначально планировалось, что режиссером фильма станет Кэтрин Хардвик. 25 июля 2014 года на конвенте Comic-Con в Сан-Диего в рамках презентации студии 20th Century Fox состоялось представление фильма, на котором присутствовали автор книги Джеймс Дашнер, режиссер фильма Уэс Болл и исполнители главных ролей Дилан О’Брайен, Кая Скоделарио и Уилл Поултер. Прическа Дилана О’Брайена едва не стоила ему роли Томаса. Режиссеру Уэсу Боллу не понравился его «MTV»-стиль. Болл пересмотрел свое мнение, когда ему прислали фото О’Брайена, где его волосы не были уложены гелем. Из всех британских актеров только Томас Сэнгстер, который играет Ньюта, говорит в фильме с британским акцентом. Лес и луг Глейда снимались на природе в штате Луизиана. Там водилось столько ядовитых змей, что каждый день перед началом работы по съемочной площадке проходил серпентолог и собирал заползших «в гости» гадов, чтобы обезопасить членов группы. Всего было найдено 25 ядовитых змей. Самая большая из них была полутораметровая гремучая змея. Для подготовки к съемкам режиссер Уэс Болл обязал актеров провести ночь в лагере, разбитом на месте проведения съемок. Чтобы получить роль Чака актер Блейк Купер добивался прослушивания через Твиттер. Он долгое время засыпал режиссера Уэса Болла твиттами, в которых говорил, что просто создан для этой роли. В итоге Уэс Болл смилостивился над Купером и сказал ему отправить свою запись начальнику актерского отдела, который заявил, что Купер – идеальный Чак. Трое детей Вика Годфри, прочитавшие книгу, по которой снят фильм, помогали ему советами во время отбора актеров. Он показывал им записи прослушиваний, а затем выслушивал их отзывы. Стены и двери декораций Лабиринта были 6 метров в высоту. Создатели фильма использовали оптические трюки и компьютерную графику, чтобы декорации показались 30-метровыми.