Эмия Сиро - молодой маг из Академии Хомурахара в городе Фуюки. Однажды он становится свидетелем борьбы между сверхчеловеческими существами за Святой Грааль - ритуала, когда маги созывают Мастеров и их слуг сражаться друг с другом. Сиро пытается остановить главного злодея, не дать ему выиграть заветный Грааль и спасти невинных людей. Но всё выходит из-под контроля, когда таинственная Тень начинает хаотично умерщвлять всех людей в Фуюки..

История разворачивается в начале двадцатого века, после того, как армия Российской империи проиграла японской армии в борьбе за контроль над Маньчжурией и Жёлтым морем. Одним из участников этой войны был и Сугимото, которого прозвали «бессмертный». Однажды он нашёл потерянную кем-то карту, указывающую на местоположение спрятанного золота айнов. B порыве сорвать куш Саичи отправился туда. Однако он не единственный, кто хочет быстро разбогатеть..

Новенький старшеклассник Ичиро Сато однажды забывает в школе тетрадь. Возвращаясь за пропажей, он сталкивается там с красивой, но странной девицей. Она наряжена в анимешный балахон, вооружена посохом и утверждает, что является колдуньей из параллельного мира!.