Главный герой – покемон Мьюту, созданный в секретной лаборатории для уничтожения человечества. Узнав об этой миссии, он восстаёт против своих создателей..

Когда Сатоси, Пикачу и его друзья прибыли в город в пустыне, они встретили мифического покемона Хупу, владеющего способностью призывать вещи - включая людей и покемонов - через волшебные кольца. А после жуткого происшествия они узнали историю о храбром герое, что давным-давно остановил ярость бушующего покемона. Теперь опасность, что была запечатана в волшебной бутыли, грозит вновь вырваться наружу..