Обрушившееся на Землю катастрофа названная «Вторым Ударом» погубила большую часть человечества. После многих лет ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. 14-летний подросток, Икари Синдзи, получает от отца, являющегося командующим секретной военной организации Nerv, приглашение в город-крепость Токио-3. Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3 - отец требует от него, чтобы

Синдзи Икари потерял волю к жизни, но вскоре обретет новую надежду. Проект по совершенствованию человечества будет запущен, люди выйдут на новый эволюционный уровень, и случится Четвертый удар..

В недалёком будущем использование андроидов стало широко распространённым. Рикуо однажды обнаруживает, что Сами, его домашний андроид, начала действовать независимо, без его указаний. В её журнале событий он обнаруживает странную фразу: «Наслаждаешься ли ты Временем Евы?». Вместе со своим другом Масаки он прослеживает путь Сами и находит необычное кафе под названием «Время Евы». Наги, официантка, объясняет им, что главное правило этого кафе - в нём нет различий между людьми и андроидами..