Мир Коконэ переворачивается с ног на голову в момент, когда её отец исчезает. Он оставляет ей необычный планшет, который нужен представителям компании Сидзима Моторс. В поисках своего папы Коконэ предстоит встретить много верных друзей и коварных врагов, узнать прошлое мамы и спасти компанию дедушки, с которым она никогда не виделась..

Черепашки-ниндзя мешают планам таинственного клана, главой которого является их заклятый враг Шреддер. Неожиданные приключения приведут героев в панцирях в космос, в феодальную Японию и даже в киберпространство..