Среди вершин горы Арарат в Турции секретная организация Аркам обнаруживает нечто похожее на Ноев ковчег. Объектом хочет завладеть одно из подразделений Пентагона, и остановить его может только Спирриган — спецотряд Аркама. Агенты Спирриган японец Ю Оминаэ и француз Жан-Жак Мондо объединяются, чтобы помешать американцам под предводительством полковника МакДугалла, мальчика с сверхъестественными способностями, использовать Ковчег для своих собственных целей..

Двое молодых, разумеется гениальных, учёных оказываются единственными, кто может предотвратить внезапно нависшую над человечеством опасность, когда Годзилла восстаёт из морской пучины..