Ник Фьюри, директор организации Щ.И.Т., и Талос объединяют свои усилия, чтобы остановить Скруллов, которые проникли в высшие эшелоны власти и подчинили себе многие крупные корпорации..

В центре событий - агенты ФБР и ЦРУ, которые объединяют усилия в борьбе с растущей террористической угрозой со стороны Усамы бен Ладена и «Аль-Каиды». Однако вскоре ведомства начинают соперничать друг с другом, что в итоге приводит к трагедии 11 сентября и войне в Ираке..