После окончания очередной мировой войны наука сделала невероятные шаги — теперь каждый человек может продлевать свою жизнь с помощью кибернетических частей тела. Все жители планеты связаны в общую сеть под названием Призраки, и широко распространились кибератаки на отдельных людей с целью кражи их памяти и тел. После убийства премьер-министра Японии майор Мотоко Кусанаги и её Девятый отдел выходят на след киберпреступников..

После смерти родителей Мираи Какэхаси остается на попечении жестоких родственников, которые над ним издеваются. Решив покончить с собой, он прыгает с крыши, но его спасает крылатая девушка Нассе. Она представляется ангелом-хранителем юноши и обещает ему безграничное счастье. Так Мираи обретает суперсилы и шанс стать новым Богом — для этого нужно в течение 999 дней победить двенадцать других кандидатов на вакансию..

В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко — киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел. Но не все так просто,