Главный герой – покемон Мьюту, созданный в секретной лаборатории для уничтожения человечества. Узнав об этой миссии, он восстаёт против своих создателей..

Самым красивым городом на свете считается столица воды, Арутомару. Здесь Эш и Пикачу случайно встречают Покемонов, обладающих таинственными способностями - Латиас и Латиос. Тайно находясь в этом городе, они незримо охраняют сокровище «Каплю сердца». Всемирно известные воры, Заннаа и Риона стремятся завладеть этим сокровищем. Заннаа и Риона вызывают события благодаря которым весь город может быть разрушен, и в которые оказываются вовлечены Эш и его друзья..

Когда Сатоси, Пикачу и его друзья прибыли в город в пустыне, они встретили мифического покемона Хупу, владеющего способностью призывать вещи - включая людей и покемонов - через волшебные кольца. А после жуткого происшествия они узнали историю о храбром герое, что давным-давно остановил ярость бушующего покемона. Теперь опасность, что была запечатана в волшебной бутыли, грозит вновь вырваться наружу..

Лучшие друзья. Лучшие герои. Узнав, что Селеби попал в ловушку, его друзья отправляются на помощь. Пройдя через тоннель времени, они оказываются в удивительном лесу, таящем в себе не только чудеса, но и множество опасностей..