Минуло 3 года с тех пор, как Когами Шинья покинул отдел расследований. Японское Управление общественной безопасности направляет следователя Цунэмори Акане в Южно-Восточный Азиатский Союз для расследования дела о притоке эмигрантов в Токио. Заодно она должна лично увидеть, как функционирует новый утопический город, управляемый системой Сивилла. Вдали от своего дома она вновь встречает старого знакомого..

Новый век несет новые опасности. Цифровое рабство, еще недавно бывшее воспаленной фантазией темных сил, становится реальностью. Среди тех, кто борется с ним - группа Сурат, пытающаяся раскрыть подноготную человека по имени Фумито Нанахара, деятеля, подмявшего под себя Токио, чье политическое влияние не ограничивается рамками закона. И в момент, когда кажется, что кровавый кризис неминуем, на сцену выходит Сая - японская школьница с мечом, когда-то лишившаяся всего, что ей было дорого в жизни, и