Во время промо-тура своего нового фильма «Как я теперь люблю» (2013) в 2013 году на вопрос журналиста, в каком следующем проекте он хотел бы участвовать, Том Холланд ответил: «Что-нибудь с экшном и юмором». На встречный вопрос, хотел бы он сыграть супергероя, актер ответил: «Может быть Человека-паука, лет через десять. В ребуте ребута, если они надумают перезапускать франшизу». По словам Винсента Д’Онофрио, ему было бы интересно появиться в этом фильме в своей роли Уилсона Фиска/Кингпина из сериала «Сорвиголова» (2015). Кингпин является одним из общих для обеих франшиз злодеев и выступал противником Человека-паука во многих историях про этого супергероя. Брайан Крэнстон проявлял интерес к исполнению роли злодея из вселенной Marvel, особенно Нормана Озборна/Зеленого гоблина. Интерес к этой роли также выражал Мэттью МакКонахи. Том Холланд – второй британский актер после Эндрю Гарфилда, изображающий Человека-паука – американского супергероя. Непосредственная съемка фильма началась 20 июня 2016 года в Атланте, штат Джорджия под рабочим названием Summer of George («Лето Джорджа»). 19-летний Том Холланд – самый молодой актер, играющий Питера Паркера/Человека-паука. Тоби Магуайру и Эндрю Гарфилду было 25 и 26 лет соответственно, когда они были взяты на роль этого супергероя. Шорт-лист кандидатов на роль Питера Паркера/Человека-паука выглядел следующим образом: Эйса Баттерфилд, Нат Вулф, Тимоти Шаламе, Том Холланд и Лиам Джеймс. Первый фильм о Человеке-пауке, где спецэффекты для образа главного героя созданы не какой-либо фирмой, аффилированной с правоообладателем компанией Sony, а компанией Industrial Light & Magic. Эта компания часто отвечает за спецэффекты в фильмах кинематографической вселенной Marvel. Одно время считалось, что фильм будет снимать режиссёр картины «Хижина в лесу» (2012) Дрю Годдард. В апреле 2014 года было объявлено, что Годдард станет режиссёром и автором сценария фильма «Зловещая шестерка» для франшизы «Удивительный Человек-паук». Годдарда даже включили в шорт-лист кандидатов на съёмки фильма «Человек-паук: Возвращение домой», однако режиссёром всё-таки стал Джон Уоттс. Согласно условиям контракта с производителем Marvel Studios и Sony Pictures Entertainment, Кевин Файги за работу исполнительным продюсером фильма не получит ничего. Это не первый фильм кинематографической вселенной Marvel, в работе над которым участвует Мартин Старр. Он уже сыграл компьютерщика в фильме Луи Летерье «Невероятный Халк» (2008), главную роль в котором исполнил Эдвард Нортон. Киллиан Мёрфи выражал заинтересованность в роли злодея в этом фильме, так как ему понравилось работать с Томом Холландом в картине «В сердце моря». Чендлер Риггз известный по сериалу «Ходячие мертвецы» пробовался на роль Человека-Паука. После выхода в прокат фильма Сэма Рэйми «Человек-паук 3: Враг в отражении» (2007) компания Sony задумалась о съёмках четвёртого фильма. Роль главного героя в нём должен был играть Тоби Магуайр, а роль антагониста Стервятника — Джон Малкович. Малкович уже приступил к подготовке к съёмкам, когда проект отменили. Было объявлено о перезагрузке франшизы фильмом Марка Уэбба «Новый Человек-паук» с Эндрю Гарфилдом в главной роли. Картина вышла на экраны в 2012 году. Стервятник стал четвёртым членом оригинальной Зловещей шестёрки, появившимся в фильмах о Человеке-пауке. В фильмах Сэма Рэйми «Человек-паук 2» (2004) и «Человек-паук 3: Враг в отражении» (2007) главному герою противостояли соответственно Доктор Октопус и Песочный человек. В фильме «Новый Человек-паук: Высокое напряжение» (Марк Уэбб, 2014) герой сражался с Электро. В Зловещую шестёрку также входят Мистерио и Крэйвен-охотник. Школа, в которой учится Питер Паркер, была основана в 1962 году. Это отсылка к первому появлению Человека-паука в комиксах, которое произошло в 1962 году в августовском выпуске серии Amazing Fantasy. На роль любимой девушки главного героя рассматривали актрис Джейн Леви и Каю Скоделарио. Большая часть сюжета разворачивается на Манхэттене в Нью-Йорке, однако фильм снимали, в основном, в Атланте, штат Джорджия. Съёмки некоторых эпизодов прошли в Германии и в самом Нью-Йорке. Мишель читает «Бремя страстей человеческих» Уильяма Сомерсета Моэма (в спортзале) и «Приглашение на казнь» Владимира Набокова (в автобусе). В школе, где учится Питер Паркер, можно увидеть портреты Говарда Старка (отца Железного человека), Авраама Эрскина (создателя сыворотки супер-солдат, которой обязан своим существованием Капитан Америка) и Брюса Беннера (Халка).