Для создания первой части «Трансформеров» пришлось задействовать 20 Тб дискового пространства. Для работы над вторым фильмом едва хватило 145 Тб. Для сравнения, 145 Тб – это объем 35000 DVD-дисков. Если сложить столько дисков без коробок друг на друга, то их высота составит 44 метра. В первой части было 14 роботов, на этот раз — 46. Экранное время спецэффектов от студии ILM — 51 минута. Рендеринг фильма на среднестатистическом домашнем компьютере образца 2009 года занял бы 16 тысяч лет. Съёмки начались на следующий день, после того как «Трансформеры» получили награду MTV в номинации «Лучший фильм». Майкл Бэй планировал снять кино с небольшим бюджетом в промежутке между фильмами о трансформерах. Однако, когда график съёмок второй части «Трансформеров» сдвинулся, Бэй отложил свой маленький проект, т. к. не хотел, чтобы сиквел снимал кто-то другой. Джоне Хилл предлагали роль в фильме, однако он отказался, прочитав всего лишь первые двадцать страниц сценария. Изначально Роберто Орси и Алекс Куртцман, написавшие сценарий первого фильма, отклонили предложение написать сценарий сиквела из-за занятости на других проектах. Однако, после того, как студия признала сценарии других авторов неприемлемыми, продюсерам удалось убедить Роберто и Алекса, поработать над вторым фильмом. Автобот Хаунд, трансформирующий в военный джип «Jeep Wrangler», был добавлен в фильм по просьбе Министерства обороны США, после того как они заметили, что в первой картине в основном в военную технику трансформировались десептиконы. Сиквел вполне мог пасть жертвой забастовки сценаристов, однако Роберто Орси, Алекс Куртцман и Эрен Крюгер успели закончить тритмент в ночь перед началом забастовки. В июле 2008 Шайа ЛаБаф попал в аварию. Сценаристам пришлось обыграть в фильме травму его руки. Алекс Куртцман придумал название фильма. Роберто Орси хотел, чтобы фильм назывался «Transformers: More Than Meets the Eye». Мэттью Мэрсден был фанатом комиксов о трансформерах в детстве. Эрен Крюгер присоединился к сценарной команде во многом благодаря своему энциклопедическому знанию вселенной трансформеров. Во время набора актеров и выбора мест съёмок фильм проходил под вымышленным названием «Prime Directive». Изначально автобот Арси должен был присутствовать в первом фильме. Десептикон Саундвэйв должен был присутствовать в первом фильме, однако работы над его внешним видом не были завершены в срок. В сиквеле он будет трансформироваться в спутник. Фильм приурочен к двадцатипятилетию «Трансформеров» (1984). Группа «Mutemath» записала рок-версию музыкальной темы «Трансформеров» (1984), которая должна была быть использована в первом фильме. Создатели так и не нашли для неё места, однако композиция будет использована в сиквеле. Три экшн-сцены были сняты камерами IMAX. По словам Стива Яблонски, в саундтреке сиквела будут присутствовать элементы оригинальной музтемы трансформеров. Стив собирался включить данные элементы в саундтрек первого фильма, однако его идею отклонили. В некоторых массовках участвовали настоящие моряки ВМФ США. В фильме можно заметить постеры двух фильмов — «Монстро» и «Плохие парни 2». Постер первого фильма отсылает к сценаристам Куртцману и Орси, которые постоянно сотрудничают с продюсером «Монстро» Джей Джей Абрамсом. А постер второго фильма отсылает к режиссеру Майклу Бэю, снимавшего «Плохих парней 2». Робот Девастатор ростом с 10-этажное здание. Когда Девастатор наносит удар по пирамиде, его рука развивает скорость 626 км/час. Детали этого робота, поставленные одна на другую, образовали бы башню, высота которой была бы в 58 раз выше знаменитого Empire State Building в Нью-Йорке. Общая длина деталей Девастатора около 22 км. Во время пре-продакшна Майкл Бэй заявил, что будет специально инсценировать утечку в сеть различной фальшивой информации, чтобы подстегнуть шумиху вокруг фильма и обсуждение картины на различных киносайтах. По данному фильму была сделана одноименная игра. В фильме задействованы как последнее из сохранившихся «классических» семи чудес света — Пирамида Хеопса в Гизе, так и одно из «новых» 7-ми чудес света — Петра в Иордании. Время обработки одного кадра IMAX — 72 часа каждый кадр. Древний город Петра, где Сэм и автоботы находят тайник Праймов, также послужил для съемок кульминационной сцены фильма Стивена Спилберга «Индиана Джонс и последний крестовый поход».